Универзитет у Источном Сарајеву јe законски сукцесор Универзитета у Сарајеву који је основан 1949. године. Поједини факултети у саставу Универзитета основани су сукцесивно од 1946. године када су основани Медицински факултет, Правни факултет и Виша педагошка школа која је представљала претечу Филозофском факултету који је основан 1950. године.

1948. године отвара се Пољопривредно-шумарски факултет. Годину дана касније отвара се Технички факултет (1949.), а исте године званично са радом је отпочео Универзитету Сарајеву.

На основу тога Универзитету у Источном Сарајеву справом припада богата традиција и историја данашњјег Универзитета у Сарајеву. Већина професора и асистената са Универзитета у Источном Сарајеву радили су прије рата на јединственом Универзитету у Сарајеву.

Данас Универзитет у Источном Сарајеву броји преко 8000 студената.